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生命是可以測量的——那些已發(fā)表動植物基因組

 閑之尋味 2014-02-17
在分子生物學領域的“圈內人”,,如果還不了解全基因組測序的飛速發(fā)展,,用娃娃的話說,那真是一個“奧特曼”了,。高通量測序技術出現(xiàn)掀開了生命科學研究的新篇章,,促進了許多研究方向的的復蘇和蓬勃發(fā)展,,同時也涌現(xiàn)了一些交叉學科。

      2011年德國爆發(fā)急性腸出血性流行病疫情——極大困擾著英國劍橋市新生兒護理病房的醫(yī)護人員,。來自Sanger研究院的研究人員從多個患者身上取樣,,并采用Illumina MiSeq進行全基因組測序。通過生物信息學分析得知,,在疫情爆發(fā)過程中發(fā)生了一系列小規(guī)模突變,,流行病學家據(jù)此繪制出一個進化樹,追蹤疫情逐步靠近可疑的源頭,。文章作者Julian Parkhill表示:“基因測序提供了明晰的線索,,這是其他方法難以做到的?!蔽恼掳l(fā)表在流行病學頂級雜志The Lancet Infectious Diseases,。
      2012年發(fā)表在science雜志旗下Science Translational Medicine另外一篇文章也同樣表明了全基因組測序技術在流行病學中重要作用。位于馬里蘭州貝塞斯達市醫(yī)療中心出現(xiàn)了嚴重的血液傳染病事件,,在此次事件中,,共有17名病人感染了血液傳染病,并造成6人死亡,。來自美國NIH人類基因組研究所的研究人員從病人體內和醫(yī)院一些設備上采集了細菌樣本,,并對不同菌株的基因組進行測序。通過對突變菌株進行聚類分析,,將病人分組,,再結合病例住院的記錄(入院時間、所在病房等)畫出了最可能的傳播路線,。

      全基因組測序提供的詳盡細節(jié)讓傳染病學家們真正地理解了疾病傳播途徑,,詳盡的追蹤技術將帶來更加完善的公共健康領域內的傳染病學研究。所以流行病學家更有可能找到事件發(fā)生的真正原因,,而非最簡單的原因,。這兩件事讓我們真實的看到了全基因組測序在流行病學的重要作用。

      事實上,,媲美曼哈頓和登月計劃的“人類基因組計劃”所帶來的巨大作用正在逐漸顯現(xiàn),,高通量測序技術走向個性化醫(yī)療已是大勢所趨。全基因組測序使得生命可以測量,,人們可以更加方便快捷的了解生命的奧秘,。

       目前已發(fā)表基因組序列的物種如下,對于進一步解析其生命活動提供了極大幫助,。 

植物基因組          
中文名 發(fā)表時間  刊物 IF 基因組大小 主要研究單位
擬南芥 2000.12 Nature 34.48 125Mb 歐美科學家共同完成
水稻 2002.04 Science 29.747 466Mb 中科院遺傳所等
水稻 2002.04 Science 29.747 467Mb Torrey Mesa Research Institute
楊樹 2006.09 Science 29.747 480Mb 美國橡樹嶺國家實驗室等
葡萄 2007.09 Nature 34.48 490Mb 法國Genoscope國家基因測序中心等
衣藻 2007.01 Science 29.747 130 Mb 美國加利福尼亞大學等
小立碗蘚 2008.01 Science 29.747 480Mb 德國弗萊堡大學等
番木瓜 2008.04 Nature 34.48 370Mb 美國夏威夷農業(yè)研究中心等
三角褐指藻 2008.11 Nature 34.48 27.4Mb 法國國家科學研究院等
高粱 2009.01 Nature 34.48 730Mb 美國喬治亞大學等
玉米 2009.11 Science 29.747 2300Mb 美國愛荷華州立大學等
黃瓜 2009.11 Nature Genetics 34.284 350Mb 中國農科院蔬菜花卉研究所等
大豆 2010.01 Nature 34.48 1100Mb 美國HudsonAlpha基因組測序中心等
二穗短柄草 2010.02 Nature 34.48 260Mb 國際短柄草研究協(xié)會(IBI
褐藻 2010.06 Nature 34.48 196Mb 巴黎匹茲堡大學醫(yī)學中心等
團藻 2010.07 Science 29.747 138Mb 美國能源部聯(lián)合基因組研究所等
蓖麻 2010.08 Nature Biotechnology 29.495 350Mb 美國JCV
小球藻 2010.09 Plant Cell 9.293 46Mb 法國??怂柜R賽大學等
蘋果 2010.09 Nature Genetics 34.284 742Mb 意大利農業(yè)研究所等
森林草莓 2010.12 Nature Genetics 34.284 240Mb 美國北德克薩斯大學等
可可樹 2010.12 Nature Genetics 34.284 430-Mb 法國CIRAD
野生大豆 2010.12 PNAS 9.432 915.4 Mb 韓國首爾國立大學等
褐潮藻類 2011.02 PNAS 9.432 57Mb 美國紐約州立大學石溪分校等
麻風樹 2010.12 DNA Res. 3.525 410Mb 日本千葉縣上總DNA研究所等
卷柏 2011.05 Science 29.747 212Mb 美國普度大學等
棗椰樹 2011.05 Nature biotechnology 29.495 685Mb 卡塔爾威爾康奈爾醫(yī)學院等
琴葉擬南芥 2011.05 Nature Genetics 34.284 206.7 Mb 美國南加州大學
馬鈴薯 2011.07 Nature 34.48 844Mb BGI、中國農科院蔬菜花會所等
條葉藍芥 2011.08 Nature Genetics 34.284 140Mb 伊利諾伊大學等
白菜 2011.08 Nature Genetics 34.284 485Mb 中國農科院蔬菜花會所等
印度大麻 2011.10 Genome biology 6.89 534Mb National Research Council of Canada,
木豆 2011.11 Nature biotechnology 29.495 833Mb 國際半干旱地區(qū)熱帶作物研究所等
蒺藜苜蓿 2011.11 Nature 34.48 500Mb 美國明尼蘇達大學等
藍載藻(灰胞藻門) 2012.02 Science 29.747 70Mb 美國羅格斯大學等
粟(谷子) 2012.05 Nature biotechnology 29.495 423 Mb BGI和張家口市農業(yè)科學院等
番茄 2012.05 Nature 34.48 760Mb 美國康奈爾大學等
甜瓜 2012.07 PNAS 9.432 375Mb 西班牙的九個研究中心
香蕉 2012.07 Nature 34.48 523Mb 法國CIRAD
棉花 2012.08 Nature Genetics 34.284 775Mb 農科院,,北大,,華大基因
大麥 2012.10 Nature 34.48 5.1Gb 國際大麥基因組協(xié)作組織
2012.11 Genome Research 13.608 527Mb 南京農業(yè)大學等
西瓜 2012.11 Nature Genetics 34.284 425Mb 北京農林科學研究院等
甜橙 2012.11 Nature Genetics 34.284 367Mb 華中農業(yè)大學等
小麥 2012.11 Nature 34.48 17Gb 利物浦大學等
梅花 2012.12 Nature Communication 7.396 280Mb 北京林業(yè)大學等
鷹嘴豆 2013.1 Nature Biotechnology 29.425 738Mb 印度ICRISAT
毛竹 2013.2 Nature Genetics 34.284 2.075G 中國林業(yè)科學研究院林業(yè)研究所
角叉菜 2013.2 PNAS 9.681 105Mb 國國家科學研究中心等
小麥A基因組 2013.3 Nature 34.48 4.94Gb 中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所等
小麥D基因組 2013.3 Nature 34.48 4.36Gb 中國農科院作物科學研究所等
桃樹 2013.3 Nature Genetics 34.284 265Mb 國際桃基因組計劃協(xié)作組
短花藥野生稻 2013.3 Nature Communication 7.396 261Mb 中科院遺傳與發(fā)育生物學研究所等
2013.5.10 Genome biology 9.04 929Mb 武漢植物園
棗椰樹 2013.8.6 Nature Communications 10.015 605.4Mb 中科院北京基因組研究所
動物基因組          
中文名 發(fā)表時間  刊物 刊物 基因組大小 主要研究者及國家
秀麗隱桿線蟲 1998.12 Science 29.747 97Mb The C. elegans Sequencing Consortium
果蠅 2000.03 Science 29.747 120Mb Celera Genomics等
岡比亞按蚊 2002.10 Science 29.747 280Mb 美國塞雷拉基因組公司等
小家鼠 2002.12 Nature 34.48 2.5 Gb Mouse Genome Sequencing Consortium
紅鰭東方豚 2002.12 Science 29.747 380Mb 新加坡分子與細胞生物學研究院等
玻璃海鞘 2002.12 Science 29.747 150Mb 美國能源部JGI等
線蟲 2003.11 PLoS Biology 13.501 104Mb 美國冷泉港等
褐家鼠 2004.04 Nature 34.48 2.75 Gb 美國得克薩斯州貝勒醫(yī)學院等
黑斑鲀 2004.10 Nature 34.48 340Mb 法國,、西班牙、美國
家蠶 2004.12 Science 29.747 428.7 Mb 西南大學等
2004.12 Nature 34.48 1.06Gb 中國華大基因等
克氏錐蟲 2005.07 Science 29.747 67Mb 美國羅克維爾市基因組研究院等
黑猩猩 2005.09 Nature 34.48 2.7Gb 美國哈佛-麻省理工的博德研究所等
2005.12 Nature 34.48 2.5 Gb 美國哈佛-麻省理工的博德研究所等
意蜂 2006.10 Nature 34.48 236Mb 人類基因組測序中心等
海膽 2006.11 Science 29.747 1Gb 人類基因組測序中心等
姥鯊 2007.04 Plos Biology 13.501 0.91Gb 新加坡分子與細胞生物學研究院等
獼猴 2007.04 Science 29.747 2.87Gb 人類基因組測序中心等
短尾負鼠 2007.05 Nature 34.48 3.4Gb 美國哈佛-麻省理工的博德研究所等
青鳉魚 2007.06 Nature 34.48 700Mb 日本東京大學等
伊蚊 2007.06 Science 29.747 1376Mb 美國MCD基因組研究院等
馬來線蟲 2007.07 Science 29.747 90Mb 美國匹茲堡大學等
???/SPAN> 2007.07 Science 29.747 357Mb 美國JGI能源部等
2007.11 Genome Research 11.2 2.7Gb 馬里蘭州國立癌癥研究所等
赤擬谷盜 2008.04 Nature 34.48 204Mb 人類基因組測序中心等
鴨嘴獸 2008.05 Nature 34.48 1.84Gb 美國華盛頓大學等
文昌魚 2008.06 Nature 34.48 520Mb 美國JGI能源中心等
絲盤蟲 2008.08 Nature 34.48 104Mb 美國加利福尼亞大學等
南方根瘤線蟲 2008.08 Nature Biotechnology 29.495 86Mb I法國國家農業(yè)研究所等
古猛犸象 2008.11 Nature 34.48 4.7Gb 美國賓夕法尼亞州立大學等
2009.04 Science 29.747 2.87 Gb 人類基因組測序中心等
曼氏血吸蟲 2009.07 Nature 34.48 360Mb Sanger研究院等
日本血吸蟲 2009.07 Nature 34.48 397Mb 中國國家人類基因組中心等
2009.11 Science 29.747 2.7Gb 美國博德研究所等
熊貓 2010.01 Nature 34.48 2.25Gb 深圳華大基因研究院
金小蜂 2010.01 Science 29.747 295Mb 美國羅切斯特大學等
豌豆蚜蟲 2010.02 PLoS Biol. 13.501 517Mb 國際蚜蟲基因組協(xié)會
水螅 2010.03 Nature 34.48 1.05Gb 美國JGI能源部等
非洲爪蟾 2010.04 Science 29.747 1.7 Gb 美國JGI能源部等
珍珠鳥 2010.04 Nature 34.48 1.2Gb 美國華盛頓大學等
人類體虱 2010.07 PNAS 9.432 110Mb 美國伊利諾斯大學等
海綿 2010.08 Nature 34.48 190Mb 美國加利福尼亞大學等
螞蟻 2010.08 Science 29.747 C. floridanus240 Mbb; H. saltator330 Mbb 紐約大學等
火雞 2010.09 PLoS Biology 13.501 1.1 Gbb 美國動物家禽科學部等
庫蚊 2010.10 Nature 34.48 540Mb 美國加州大學河濱分校等
異體住囊蟲 2010.11 Science 29.747 148Mb 法國CEA等
紅毛猩猩 2011.01 Nature 34.48 3.09Gb 美國華盛頓大學基因組中心等
阿根廷蟻 2011.01 PNAS 9.432 250.8Mb 美國舊金山大學等
紅色收割蟻 2011.01 PNAS 9.432 250–284 Mb 美國里士滿厄爾漢學院等
火蟻 2011.01 PNAS 9.432 484.2Mb 瑞士洛桑大學等
水蚤 2011.02 Science 29.747 200Mb 美國印第安納大學等
大頭切葉蟻 2011.02 PLoS Genetics 9.532 300Mb 美國威斯康星-麥迪遜大學等
旋毛蟲 2011.02 Nature Genetics 34.284 64Mb 美國華盛頓大學醫(yī)學院等
袋獾 2011.06 PNAS 9.432 3.3Gb 澳大利亞羅伊癌癥研究中心等
頂切葉蟻 2011.06 Genome Research 11.2 313Mb 哥本哈根大學等
鹿角珊瑚 2011.07 Nature 34.48 420Mb 日本沖繩縣科學與技術研究所等
緬甸蟒 2011.07 Genome Biology 6.89 1.4Gb 科羅拉多大學醫(yī)學院等
大西洋鱈魚 2011.08 Nature 34.48 830Mb 挪威奧斯陸大學等
澳大利亞袋鼠 2011.08 Genome Biology 6.89 2.9Gb 澳大利亞袋鼠基因組研究
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