在分子生物學領域的“圈內人”,,如果還不了解全基因組測序的飛速發(fā)展,,用娃娃的話說,那真是一個“奧特曼”了,。高通量測序技術出現(xiàn)掀開了生命科學研究的新篇章,,促進了許多研究方向的的復蘇和蓬勃發(fā)展,,同時也涌現(xiàn)了一些交叉學科。
2011年德國爆發(fā)急性腸出血性流行病疫情——極大困擾著英國劍橋市新生兒護理病房的醫(yī)護人員,。來自Sanger研究院的研究人員從多個患者身上取樣,,并采用Illumina MiSeq進行全基因組測序。通過生物信息學分析得知,,在疫情爆發(fā)過程中發(fā)生了一系列小規(guī)模突變,,流行病學家據(jù)此繪制出一個進化樹,追蹤疫情逐步靠近可疑的源頭,。文章作者Julian Parkhill表示:“基因測序提供了明晰的線索,,這是其他方法難以做到的?!蔽恼掳l(fā)表在流行病學頂級雜志The Lancet Infectious Diseases,。 2012年發(fā)表在science雜志旗下Science Translational Medicine另外一篇文章也同樣表明了全基因組測序技術在流行病學中重要作用。位于馬里蘭州貝塞斯達市醫(yī)療中心出現(xiàn)了嚴重的血液傳染病事件,,在此次事件中,,共有17名病人感染了血液傳染病,并造成6人死亡,。來自美國NIH人類基因組研究所的研究人員從病人體內和醫(yī)院一些設備上采集了細菌樣本,,并對不同菌株的基因組進行測序。通過對突變菌株進行聚類分析,,將病人分組,,再結合病例住院的記錄(入院時間、所在病房等)畫出了最可能的傳播路線,。
全基因組測序提供的詳盡細節(jié)讓傳染病學家們真正地理解了疾病傳播途徑,,詳盡的追蹤技術將帶來更加完善的公共健康領域內的傳染病學研究。所以流行病學家更有可能找到事件發(fā)生的真正原因,,而非最簡單的原因,。這兩件事讓我們真實的看到了全基因組測序在流行病學的重要作用。
事實上,,媲美曼哈頓和登月計劃的“人類基因組計劃”所帶來的巨大作用正在逐漸顯現(xiàn),,高通量測序技術走向個性化醫(yī)療已是大勢所趨。全基因組測序使得生命可以測量,,人們可以更加方便快捷的了解生命的奧秘,。
目前已發(fā)表基因組序列的物種如下,對于進一步解析其生命活動提供了極大幫助,。
植物基因組 |
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中文名 |
發(fā)表時間 |
刊物 |
IF |
基因組大小 |
主要研究單位 |
擬南芥 |
2000.12 |
Nature |
34.48 |
125Mb |
歐美科學家共同完成 |
水稻 |
2002.04 |
Science |
29.747 |
466Mb |
中科院遺傳所等 |
水稻 |
2002.04 |
Science |
29.747 |
467Mb |
Torrey Mesa Research Institute
|
楊樹 |
2006.09 |
Science |
29.747 |
480Mb |
美國橡樹嶺國家實驗室等 |
葡萄 |
2007.09 |
Nature |
34.48 |
490Mb |
法國Genoscope國家基因測序中心等 |
衣藻 |
2007.01 |
Science |
29.747 |
130 Mb |
美國加利福尼亞大學等 |
小立碗蘚 |
2008.01 |
Science |
29.747 |
480Mb |
德國弗萊堡大學等 |
番木瓜 |
2008.04 |
Nature |
34.48 |
370Mb |
美國夏威夷農業(yè)研究中心等 |
三角褐指藻 |
2008.11 |
Nature |
34.48 |
27.4Mb |
法國國家科學研究院等 |
高粱 |
2009.01 |
Nature |
34.48 |
730Mb |
美國喬治亞大學等 |
玉米 |
2009.11 |
Science |
29.747 |
2300Mb |
美國愛荷華州立大學等 |
黃瓜 |
2009.11 |
Nature Genetics |
34.284 |
350Mb |
中國農科院蔬菜花卉研究所等 |
大豆 |
2010.01 |
Nature |
34.48 |
1100Mb |
美國HudsonAlpha基因組測序中心等 |
二穗短柄草 |
2010.02 |
Nature |
34.48 |
260Mb |
國際短柄草研究協(xié)會(IBI) |
褐藻 |
2010.06 |
Nature |
34.48 |
196Mb |
巴黎匹茲堡大學醫(yī)學中心等 |
團藻 |
2010.07 |
Science |
29.747 |
138Mb |
美國能源部聯(lián)合基因組研究所等 |
蓖麻 |
2010.08 |
Nature Biotechnology |
29.495 |
350Mb |
美國JCV等 |
小球藻 |
2010.09 |
Plant Cell |
9.293 |
46Mb |
法國??怂柜R賽大學等 |
蘋果 |
2010.09 |
Nature Genetics |
34.284 |
742Mb |
意大利農業(yè)研究所等 |
森林草莓 |
2010.12 |
Nature Genetics |
34.284 |
240Mb |
美國北德克薩斯大學等 |
可可樹 |
2010.12 |
Nature Genetics |
34.284 |
430-Mb |
法國CIRAD等 |
野生大豆 |
2010.12 |
PNAS |
9.432 |
915.4 Mb |
韓國首爾國立大學等 |
褐潮藻類 |
2011.02 |
PNAS |
9.432 |
57Mb |
美國紐約州立大學石溪分校等 |
麻風樹 |
2010.12 |
DNA Res. |
3.525 |
410Mb |
日本千葉縣上總DNA研究所等 |
卷柏 |
2011.05 |
Science |
29.747 |
212Mb |
美國普度大學等 |
棗椰樹 |
2011.05 |
Nature biotechnology |
29.495 |
685Mb |
卡塔爾威爾康奈爾醫(yī)學院等 |
琴葉擬南芥 |
2011.05 |
Nature Genetics |
34.284 |
206.7 Mb |
美國南加州大學 |
馬鈴薯 |
2011.07 |
Nature |
34.48 |
844Mb |
BGI、中國農科院蔬菜花會所等 |
條葉藍芥 |
2011.08 |
Nature Genetics |
34.284 |
140Mb |
伊利諾伊大學等 |
白菜 |
2011.08 |
Nature Genetics |
34.284 |
485Mb |
中國農科院蔬菜花會所等 |
印度大麻 |
2011.10 |
Genome biology |
6.89 |
534Mb |
National Research Council of Canada, |
木豆 |
2011.11 |
Nature biotechnology |
29.495 |
833Mb |
國際半干旱地區(qū)熱帶作物研究所等 |
蒺藜苜蓿 |
2011.11 |
Nature |
34.48 |
500Mb |
美國明尼蘇達大學等 |
藍載藻(灰胞藻門) |
2012.02 |
Science |
29.747 |
70Mb |
美國羅格斯大學等 |
粟(谷子) |
2012.05 |
Nature biotechnology |
29.495 |
423 Mb |
BGI和張家口市農業(yè)科學院等 |
番茄 |
2012.05 |
Nature |
34.48 |
760Mb |
美國康奈爾大學等 |
甜瓜 |
2012.07 |
PNAS |
9.432 |
375Mb |
西班牙的九個研究中心 |
香蕉 |
2012.07 |
Nature |
34.48 |
523Mb |
法國CIRAD等 |
棉花 |
2012.08 |
Nature Genetics |
34.284 |
775Mb |
農科院,,北大,,華大基因 |
大麥 |
2012.10 |
Nature |
34.48 |
5.1Gb |
國際大麥基因組協(xié)作組織 |
梨 |
2012.11 |
Genome Research |
13.608 |
527Mb |
南京農業(yè)大學等 |
西瓜 |
2012.11 |
Nature Genetics |
34.284 |
425Mb |
北京農林科學研究院等 |
甜橙 |
2012.11 |
Nature Genetics |
34.284 |
367Mb |
華中農業(yè)大學等 |
小麥 |
2012.11 |
Nature |
34.48 |
17Gb |
利物浦大學等 |
梅花 |
2012.12 |
Nature Communication |
7.396 |
280Mb |
北京林業(yè)大學等 |
鷹嘴豆 |
2013.1 |
Nature Biotechnology |
29.425 |
738Mb |
印度ICRISAT |
毛竹 |
2013.2 |
Nature Genetics |
34.284 |
2.075G |
中國林業(yè)科學研究院林業(yè)研究所 |
角叉菜 |
2013.2 |
PNAS |
9.681 |
105Mb |
國國家科學研究中心等 |
小麥A基因組 |
2013.3 |
Nature |
34.48 |
4.94Gb |
中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所等 |
小麥D基因組 |
2013.3 |
Nature |
34.48 |
4.36Gb |
中國農科院作物科學研究所等 |
桃樹 |
2013.3 |
Nature Genetics |
34.284 |
265Mb |
國際桃基因組計劃協(xié)作組 |
短花藥野生稻 |
2013.3 |
Nature Communication |
7.396 |
261Mb |
中科院遺傳與發(fā)育生物學研究所等 |
蓮 |
2013.5.10 |
Genome biology |
9.04 |
929Mb |
武漢植物園 |
棗椰樹 |
2013.8.6 |
Nature Communications |
10.015 |
605.4Mb |
中科院北京基因組研究所 |
|
|
|
|
|
|
動物基因組 |
|
|
|
|
|
中文名 |
發(fā)表時間 |
刊物 |
刊物 |
基因組大小 |
主要研究者及國家 |
秀麗隱桿線蟲 |
1998.12 |
Science |
29.747 |
97Mb |
The C. elegans Sequencing Consortium |
果蠅 |
2000.03 |
Science |
29.747 |
120Mb |
Celera Genomics等 |
岡比亞按蚊 |
2002.10 |
Science |
29.747 |
280Mb |
美國塞雷拉基因組公司等 |
小家鼠 |
2002.12 |
Nature |
34.48 |
2.5 Gb |
Mouse Genome Sequencing Consortium |
紅鰭東方豚 |
2002.12 |
Science |
29.747 |
380Mb |
新加坡分子與細胞生物學研究院等 |
玻璃海鞘 |
2002.12 |
Science |
29.747 |
150Mb |
美國能源部JGI等 |
線蟲 |
2003.11 |
PLoS Biology |
13.501 |
104Mb |
美國冷泉港等 |
褐家鼠 |
2004.04 |
Nature |
34.48 |
2.75 Gb |
美國得克薩斯州貝勒醫(yī)學院等 |
黑斑鲀 |
2004.10 |
Nature |
34.48 |
340Mb |
法國,、西班牙、美國 |
家蠶 |
2004.12 |
Science |
29.747 |
428.7 Mb |
西南大學等 |
雞 |
2004.12 |
Nature |
34.48 |
1.06Gb |
中國華大基因等 |
克氏錐蟲 |
2005.07 |
Science |
29.747 |
67Mb |
美國羅克維爾市基因組研究院等 |
黑猩猩 |
2005.09 |
Nature |
34.48 |
2.7Gb |
美國哈佛-麻省理工的博德研究所等 |
狗 |
2005.12 |
Nature |
34.48 |
2.5 Gb |
美國哈佛-麻省理工的博德研究所等 |
意蜂 |
2006.10 |
Nature |
34.48 |
236Mb |
人類基因組測序中心等 |
海膽 |
2006.11 |
Science |
29.747 |
1Gb |
人類基因組測序中心等 |
姥鯊 |
2007.04 |
Plos Biology |
13.501 |
0.91Gb |
新加坡分子與細胞生物學研究院等 |
獼猴 |
2007.04 |
Science |
29.747 |
2.87Gb |
人類基因組測序中心等 |
短尾負鼠 |
2007.05 |
Nature |
34.48 |
3.4Gb |
美國哈佛-麻省理工的博德研究所等 |
青鳉魚 |
2007.06 |
Nature |
34.48 |
700Mb |
日本東京大學等 |
伊蚊 |
2007.06 |
Science |
29.747 |
1376Mb |
美國MCD基因組研究院等 |
馬來線蟲 |
2007.07 |
Science |
29.747 |
90Mb |
美國匹茲堡大學等 |
???/SPAN> |
2007.07 |
Science |
29.747 |
357Mb |
美國JGI能源部等 |
貓 |
2007.11 |
Genome Research |
11.2 |
2.7Gb |
馬里蘭州國立癌癥研究所等 |
赤擬谷盜 |
2008.04 |
Nature |
34.48 |
204Mb |
人類基因組測序中心等 |
鴨嘴獸 |
2008.05 |
Nature |
34.48 |
1.84Gb |
美國華盛頓大學等 |
文昌魚 |
2008.06 |
Nature |
34.48 |
520Mb |
美國JGI能源中心等 |
絲盤蟲 |
2008.08 |
Nature |
34.48 |
104Mb |
美國加利福尼亞大學等 |
南方根瘤線蟲 |
2008.08 |
Nature Biotechnology |
29.495 |
86Mb |
I法國國家農業(yè)研究所等
|
古猛犸象 |
2008.11 |
Nature |
34.48 |
4.7Gb |
美國賓夕法尼亞州立大學等 |
牛 |
2009.04 |
Science |
29.747 |
2.87 Gb |
人類基因組測序中心等 |
曼氏血吸蟲 |
2009.07 |
Nature |
34.48 |
360Mb |
Sanger研究院等 |
日本血吸蟲 |
2009.07 |
Nature |
34.48 |
397Mb |
中國國家人類基因組中心等 |
馬 |
2009.11 |
Science |
29.747 |
2.7Gb |
美國博德研究所等
|
熊貓 |
2010.01 |
Nature |
34.48 |
2.25Gb |
深圳華大基因研究院 |
金小蜂 |
2010.01 |
Science |
29.747 |
295Mb |
美國羅切斯特大學等 |
豌豆蚜蟲 |
2010.02 |
PLoS Biol. |
13.501 |
517Mb |
國際蚜蟲基因組協(xié)會 |
水螅 |
2010.03 |
Nature |
34.48 |
1.05Gb |
美國JGI能源部等 |
非洲爪蟾 |
2010.04 |
Science |
29.747 |
1.7 Gb |
美國JGI能源部等 |
珍珠鳥 |
2010.04 |
Nature |
34.48 |
1.2Gb |
美國華盛頓大學等 |
人類體虱 |
2010.07 |
PNAS |
9.432 |
110Mb |
美國伊利諾斯大學等 |
海綿 |
2010.08 |
Nature |
34.48 |
190Mb |
美國加利福尼亞大學等 |
螞蟻 |
2010.08 |
Science |
29.747 |
C. floridanus240 Mbb; H. saltator330 Mbb |
紐約大學等 |
火雞 |
2010.09 |
PLoS Biology |
13.501 |
1.1 Gbb |
美國動物家禽科學部等 |
庫蚊 |
2010.10 |
Nature |
34.48 |
540Mb |
美國加州大學河濱分校等 |
異體住囊蟲 |
2010.11 |
Science |
29.747 |
148Mb |
法國CEA等 |
紅毛猩猩 |
2011.01 |
Nature |
34.48 |
3.09Gb |
美國華盛頓大學基因組中心等 |
阿根廷蟻 |
2011.01 |
PNAS |
9.432 |
250.8Mb |
美國舊金山大學等 |
紅色收割蟻 |
2011.01 |
PNAS |
9.432 |
250–284 Mb |
美國里士滿厄爾漢學院等 |
火蟻 |
2011.01 |
PNAS |
9.432 |
484.2Mb |
瑞士洛桑大學等 |
水蚤 |
2011.02 |
Science |
29.747 |
200Mb |
美國印第安納大學等 |
大頭切葉蟻 |
2011.02 |
PLoS Genetics |
9.532 |
300Mb |
美國威斯康星-麥迪遜大學等 |
旋毛蟲 |
2011.02 |
Nature Genetics |
34.284 |
64Mb |
美國華盛頓大學醫(yī)學院等 |
袋獾 |
2011.06 |
PNAS |
9.432 |
3.3Gb |
澳大利亞羅伊癌癥研究中心等 |
頂切葉蟻 |
2011.06 |
Genome Research |
11.2 |
313Mb |
哥本哈根大學等 |
鹿角珊瑚 |
2011.07 |
Nature |
34.48 |
420Mb |
日本沖繩縣科學與技術研究所等 |
緬甸蟒 |
2011.07 |
Genome Biology |
6.89 |
1.4Gb |
科羅拉多大學醫(yī)學院等 |
大西洋鱈魚 |
2011.08 |
Nature |
34.48 |
830Mb |
挪威奧斯陸大學等 |
澳大利亞袋鼠 |
2011.08 |
Genome Biology |
6.89 |
2.9Gb |
澳大利亞袋鼠基因組研究 | ...
|