物理性質(zhì)預(yù)測(cè)：
Compute PI/MW http://expaxy./ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy./sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS http://ulrec3./software/SAPS_form.html

基于組成的蛋白質(zhì)識(shí)別預(yù)測(cè)
AACompIdent http://expaxy./ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy./ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www./prs.html

二級(jí)結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測(cè)
nnpredict http://www.cmpharm./~nomi/nnpredictPredictprotein http://www./predictprotein/SOPMA http://www./predict.htmlSSPRED http://www./sspred/ssprd_info.html

特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
COILS http://ulrec3./software/COILS_form.htmlMacStripe http://www.wi./matsudaira/macstripe.html

與核酸序列一樣,，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步,，由于數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展,，蛋白序列的檢索是十分方便,，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫下載到本地檢索和通過國際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的,。

由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列
可聯(lián)網(wǎng)到：“http://www.ncbi.nlm.:80/entrz/query.fcgi?db=protein”進(jìn)行檢索,。

利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列
聯(lián)網(wǎng)到：http://srs./”,，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。

通過EMAIL進(jìn)行序列檢索
當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時(shí),，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。

蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析
蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面,，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量,，等電點(diǎn),，親水性,，和疏水性,、信號(hào)肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到,。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如,，疏水性圖譜可通知來預(yù)測(cè)跨膜螺旋,。同時(shí),，也有很多短片段被細(xì)胞用來將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng),。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的功能,。

疏水性分析
位于ExPASy的ProtScale程序（ http://www./cgi-bin/protscale.pl）可被用來計(jì)算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜,。該網(wǎng)站充許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性,，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值,。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫的序列接受號(hào),。需要調(diào)整的只是計(jì)算窗口的大?。╪）該參數(shù)用于估計(jì)每種氨基酸殘基的平均顯示尺度,。
進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí),，也可用一些windows下的軟件如,， bioedit,dnamana等。

跨膜區(qū)分析
有多種預(yù)測(cè)跨膜螺旋的方法,，最簡單的是直接,，觀察以20個(gè)氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域,，但同時(shí)還有多種更加復(fù)雜的,、精確的算法能夠預(yù)測(cè)跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性,。這些技術(shù)主要是基于對(duì)已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數(shù)據(jù)庫,，可通過匿名FTP獲得(http://www.isrec./ftp-server/tmbase),，參見表一
資源名稱 網(wǎng)址 說明
TMPRED http://www.ch./software/TMPRED_form.html 基于對(duì)tmpred數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)計(jì)分析PHDhtm http://www./services/sander/predictprotein/predictprotein.htmlMEMSAT ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk 微機(jī)版本
，蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用,，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等,，從而,，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān),。http://genome.cbs./sevices/TMHMM-2.0“或“http://www.ch./software/TMPRED_form.html”

前導(dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位
在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所與功能場(chǎng)所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開,，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運(yùn)行才能保證生命活動(dòng)的正常進(jìn)行,。一般來說,，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中,，并通過與膜上特殊的受體相互作用而得以表達(dá)。在起始密碼子之后,，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA片段，這個(gè)氨基酸序列就這個(gè)氨基酸序列就是信號(hào)肽序列,。含有信號(hào)肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細(xì)胞外,，可能作為重要的細(xì)胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價(jià)值,。
http://genome.cbs./sevices/signalP-2.0

卷曲螺旋分析
另一個(gè)能夠直接從序列中預(yù)測(cè)的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式,。在這種結(jié)構(gòu)中,，兩種螺旋通過其疏水性界面相互纏在一起形成一個(gè)十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。
蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源
資源 網(wǎng)址
coiled-coil http://www./depts/biol/units/coils/coilcoil.htmlCOILS http://www.ch./software/COILS_form.htmlEpitopeInfo http:///Links.htm

蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)

基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)
到少有80個(gè)氨基酸長度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義,。最快的工具如BlastP能很容易地發(fā)現(xiàn)顯著性片段,，而無需使用十分耗時(shí)的BLITZ軟件。

基于NCBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析
類似于核酸序列同源性分析,，用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(www.ncbi./blast),，選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析。

基于WU/BLAST2軟件進(jìn)行分析
華盛頓大學(xué)的BLAST軟件（dove.embl-heidelberg.dl/blast2）也可進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的同源性分析,。

基于motif,、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)
蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對(duì)蛋白質(zhì)的功能影響很大,，所以對(duì)其的分析也是生物信息學(xué)的一個(gè)部分,。
同時(shí)，分子進(jìn)化方面的研究表明,，蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有不同的進(jìn)化速率,，一些氨基酸必須在進(jìn)化過程中足夠保守以實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù),，第一類是依賴于和一致性序列（consensus sequence）或基序各殘基的匹配模式,，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù)據(jù)庫。

Motif數(shù)據(jù)庫-PROSITE
最好的是PROSITEwww./prosite）

蛋白質(zhì)序列的(profile)分析
www.isrec./software/PFSCAN_form.html

InterProScan綜合分析網(wǎng)站
InterProScan是EBI 開發(fā)的一個(gè)集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫,，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數(shù)據(jù)庫提供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式,，如結(jié)構(gòu)域，motif等信息統(tǒng)一起來,，提供了一個(gè)較為全央的分析工具,。
www./interpro/scan.html

蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析
簡單模塊構(gòu)架搜索工具（simple modular architecture research tool,SMART）一個(gè)較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析,，所得到的結(jié)構(gòu)域同時(shí)提供相關(guān)的資源的鏈接http://smart./

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

PDB數(shù)據(jù)庫
蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(PDB, www.)其中有大量工具用于查看PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu),，如rasmol，可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu),，下載地址：www./microbio/rasmol）

PDBFinder 數(shù)據(jù)庫
是在PDB,、DSSP,、HSSP基礎(chǔ)上建立的二級(jí)庫，它包含PDB序列,，作者，R因子,，分辨率,、二級(jí)結(jié)構(gòu)等，這些些信息隨著PDB庫每次發(fā)布新版,，PDBFinder在EBI自動(dòng)生成,，網(wǎng)址為“www.sander./pdbfinder/ ftp://swift./pdbfinder.

NRL-3D數(shù)據(jù)庫
是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫,，可用于查詢蛋白序列時(shí)行相似性分析以確定其結(jié)構(gòu)www./Dan/protein/nrl3d.html

ISSD數(shù)據(jù)庫
蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其每個(gè)條目包含一個(gè)基因的編碼序列,，同相應(yīng)的氨基酸序列對(duì)比,，并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。www.protein.bio./issd

HSSP數(shù)據(jù)庫
是根據(jù)同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,，每一條PDB項(xiàng)目都有一個(gè)對(duì)應(yīng)的HSSP文件，www.sander./hssp

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫

對(duì)已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫,，位于劍橋的站點(diǎn)也提供BLAST檢索服務(wù) http://scop.mrc-lmb./scop/

MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫
是ENTREZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，以ASN格式反蚋的PDB中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù),。NCBI同時(shí)提供一個(gè)配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D,www.ncbi.nlm./Structure/

Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫
基于PDB數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動(dòng)結(jié)構(gòu)對(duì)比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫,。www.embl-/dali

蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

基于序列進(jìn)行蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻(xiàn)描述,，本質(zhì)上,，這些研究可被分為兩大類：基于單一序列的分析和基于多重序列對(duì)齊的分析,。
文獻(xiàn)報(bào)道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級(jí)結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種資源,。其網(wǎng)址為www./predictprotein/predictprotein.html,也可通過email:predictprotein@進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,。

蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
蛋白質(zhì)同源家庭的分析對(duì)于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測(cè)新蛋白質(zhì)序列的功能 有重要意義,，同源蛋白質(zhì)（homolog）進(jìn)一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）,
前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因,，后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能,，但也有共同起源的基因,，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白,、β珠蛋白和肌紅蛋白,。

蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫（ProtoMap）
是對(duì)SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫中的全部蛋白質(zhì)由計(jì)算機(jī)自動(dòng)時(shí)行層次分類，把相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫,。www.proteinmap.cs.

蛋白質(zhì)序列多重對(duì)齊分析及進(jìn)化分析
如果發(fā)現(xiàn)一個(gè)未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員,，從而可從分子時(shí)化的角度對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。

常用在線蛋白工具
BCM Search Launcher
http://searchlauncher.bcm./seq-search/
蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)綜合站點(diǎn),，從此出發(fā)，輸入蛋白序列,，可以根據(jù)需要,，使用各種在線預(yù)測(cè)工具,，包括Coils,、nnPredict、PSSP/SSP,、PSSP/NNSSP,、SAPS、TMpred,、SOUSI,、Paircoil,、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search,、SOPM,，使用十分方便。

DAS
<http://www.biokemi./~server/DAS/>;
蛋白跨膜預(yù)測(cè)服務(wù)器,、輸入蛋白序列,，預(yù)測(cè)跨膜區(qū)域。

TopPred 2
<http://www.biokemi./~server/toppred2/>;
斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預(yù)測(cè)服務(wù)器提供的膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)預(yù)測(cè)Topology prediction of membrane proteins在線工具

SOSUI
<http://azusa.proteome.bio./sosui/>;
東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)（Tokyo University of Agriculture and Technology）提供的膜蛋白分類和二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線工具,。

PSIpred - MEMSAT2
<http://globin.bio./psipred/>;
本蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器允許你提交一個(gè)蛋白序列，進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),，并將結(jié)果用EMAIL提供給您,。

HMMTOP
<http://www./hmmtop/>;
預(yù)測(cè)蛋白序列的跨膜螺旋與拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)服務(wù)器

TMpred
<http://www.ch./software/TMPRED_form.html>;
預(yù)測(cè)蛋白序列跨膜區(qū)

TMHMM
<http://www.cbs./services/TMHMM-1.0/>;
預(yù)測(cè)蛋白的跨膜螺旋

The PredictProtein server
<http://www./predictprotein/>;
提供蛋白數(shù)據(jù)庫查詢，預(yù)測(cè)蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務(wù)

SMART
<http://smart./>;
提供蛋白序列,，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中查詢，顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等

SPLIT
<http://pref./split/>;
膜蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器

PRED-TMR
<http://o2.db./PRED-TMR/>;
提供基于SwissProt數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計(jì)分析的預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)

CoPreThi
<http://o2.db./CoPreTHi/Main.html>;
基于INTERNET的JAVA程序,，預(yù)測(cè)蛋白的跨膜區(qū)

TMAP
<http://www./tmap/tmap_info.html>;
提供預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)

multalin
<http://www.toulouse./multalin.html>;
蛋白序列對(duì)照服務(wù)器,，比較幾條蛋白序列的結(jié)構(gòu),。

Protein Sequence Analysis
<http://bioweb./seqanal/protein/intro-uk.html>;
巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在線工具,，絕對(duì)精選。

PSA
<http://bmerc-www./psa/>;
Protein Sequence Analysis 服務(wù)器為美國波士頓大學(xué)生物分子工程研究中心（the BioMolecular Engineering Research Center ）開發(fā),，提交氨基酸序列,，預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)及折疊區(qū)域。

PRS
<http://www./prs.html>;
EMBL提供的以未知蛋白序列的氨基酸組成而非氨基酸序列順序進(jìn)行蛋白家族及各種特性預(yù)測(cè)的服務(wù)器,，并將結(jié)果通過EMAIL發(fā)給您。

AAA
<http://www./aaa.html>;
EMBL氨基酸分析服務(wù)器,，與上一個(gè)服務(wù)類似,，以氨基酸殘基組成為蛋白分析基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析,。